Hvordan lage en ny Rapporteket-applikasjon

Beskrivelsen under er ikke nødvendigvis utfyllende og forutsetter kjennskap til R og bruk av git og GitHub. Som en ekstra støtte anbefales R packages av Hadley Wickham og spesielt beskrivelsen av git og GitHub.

Lag ditt eget prosjekt basert på templatet

Denne delen kan være relevant om det er ønskelig å benytte templatetet som utgangspunkt for etablering av nye registre på Rapporteket.

1. Gå inn på rapRegTemplate.
2. Trykk på knappen oppe til høyre (Use this template) og opprett nytt repository.
3. Klon ditt nye repository til lokal maskin.
4. Bygg, installér og kjør pakken i R/RStudio. Test gjerne at innebygget Shiny-applikasjon fungerer på samme vis som i prosjektet “rapRegTemplate”

Opprett database for logging og abonnement

Mye av kjernefunksjonaliteten i Rapporteket og rapbase er avhengig av at det finnes databaser for logging og abonnement. Kode for å lage disse ligger i pakken rapbase og gjengis her.

Abonnement-database

Miljøvariablen MYSQL_DB_AUTOREPORT brukes av rapbase for å finne navnet på abonnement-databasen. Hvis man har abonnement-funksjonalitet i sitt rapportek, må denne miljøvariabelen defineres:

Sys.setenv(MYSQL_DB_AUTOREPORT="db_autoreport")

Navnet db_autoreport er valgfritt.

Selve databasen lages slik:

CREATE DATABASE IF NOT EXISTS `db_autoreport`
USE `db_autoreport`;

CREATE TABLE IF NOT EXISTS `autoreport` (
  `id` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `synopsis` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `package` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `fun` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `params` text COLLATE utf8mb4_danish_ci,
  `owner` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `email` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `organization` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `terminateDate` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `interval` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `intervalName` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `runDayOfYear` text COLLATE utf8mb4_danish_ci,
  `type` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `ownerName` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL,
  `startDate` varchar(255) COLLATE utf8mb4_danish_ci DEFAULT NULL
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8mb4 COLLATE=utf8mb4_danish_ci;

Logg-database

Når rapporteket-applikasjonen starter opp og brukes, skrives det til to tabeller i en logg-database. Dette kommer i tillegg til det som logges i Norsk Helsenett sine systemer. Det skriver til disse to tabellene når rapbase-funksjonene appLogger, repLogger og autLogger brukes. Se rapbase sin dokumentasjon for mer informasjon om bruk av disse funksjonene.

Miljøvariablen MYSQL_DB_LOG brukes av rapbase for å finne navnet på logg-databasen, og må defineres:

Sys.setenv(MYSQL_DB_LOG="db_log")

Navnet db_log er valgfritt.

Selve databasen lages slik:

CREATE DATABASE IF NOT EXISTS `db_log`;
USE `db_log`;

CREATE TABLE IF NOT EXISTS `appLog` (
  `id` int(9) unsigned NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  `time` datetime DEFAULT NULL,
  `user` varchar(127) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `name` varchar(255) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `group` varchar(63) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `role` varchar(63) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `resh_id` varchar(31) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `message` varchar(2047) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  PRIMARY KEY (`id`)
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_danish_ci;


CREATE TABLE IF NOT EXISTS `reportLog` (
  `id` int(9) unsigned NOT NULL AUTO_INCREMENT,
  `time` datetime DEFAULT NULL,
  `user` varchar(127) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `name` varchar(255) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `group` varchar(63) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `role` varchar(63) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `resh_id` varchar(31) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `environment` varchar(63) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `call` varchar(2047) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  `message` varchar(2047) COLLATE utf8_danish_ci DEFAULT NULL,
  PRIMARY KEY (`id`)
) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8 COLLATE=utf8_danish_ci;