Skip to contents

[Experimental]

Lagar eit valideringsdatasett med data frå eit registerdatasett klart til å fyllast ut med og sjekkast opp mot data frå ein gullstandard (typisk pasientjournal).

Usage

lag_valideringsdatasett(d_reg, indvars)

Arguments

d_reg

Datasett (dataramme/tibble).

indvars

Vektor med indeksvariablar.

Value

Valideringsdatasett som er klart til å fyllast ut med og sjekkast opp mot data frå ein gullstandard (typisk pasientjournal).

Details

Funksjonen tek inn eit datasett d_reg og ein vektor indvars og returnerer eit valideringsdatasett.

Datasettet d_reg skal vera anten data.frame eller tibble.

Vektoren indvars inneheld namna på alle indeksvariablane. Desse må alle finnast som kolonnar i d_reg, og kombinasjonen av dei må unikt identifisera kvar rad. Kolonnane i d_reg som ikkje er indeksvariablar er datavariablar som skal validerast.

Valideringsdatasettet som vert gjeve ut vil ha éi rad for kvar datavariabel for kvar rad i det opphavlege datasettet. Kvar rad i valideringsdatasettet vil då innehalda verdien frå éin datavariabel i éi rad frå det opphavlege datasettet. Denne verdien vil vera lagra i kolonnen vld_verdi_intern_x, der x er typen til den aktuelle variabelen. Valideringsdatasettet vil vera på formatet som er definert i er_valideringsdatasett_gyldig(), med tomme kolonnar vld_verdi_ekstern_x, klare til å fyllast ut og sidan sjekkast mot verdiane i vld_verdi_intern_x.

Examples

library(tibble)

# Eksempel på datasett frå eit register:
d_reg = tribble(
  ~pasid, ~dato_inn, ~dato_ut, ~vekt, ~hogd, ~biverk, ~biverk_hovud, ~biverk_mage, ~biverk_fot,
  5, as.Date("2020-06-07"), as.Date("2020-06-15"), 78, 183, TRUE, FALSE, TRUE, TRUE,
  5, as.Date("2020-12-13"), as.Date("2020-12-13"), 50, 179, TRUE, FALSE, TRUE, TRUE,
  7, as.Date("2020-08-09"), as.Date("2020-08-13"), 711, 196, TRUE, TRUE, TRUE, TRUE,
  13, as.Date("2021-01-05"), NA, NA, 163, FALSE, NA, NA, NA,
  14, as.Date("2021-01-05"), as.Date("2021-01-09"), 101, 182, TRUE, TRUE, FALSE, FALSE
)
d_reg
#> # A tibble: 5 × 9
#>   pasid dato_inn   dato_ut     vekt  hogd biverk biverk_hovud biverk_mage
#>   <dbl> <date>     <date>     <dbl> <dbl> <lgl>  <lgl>        <lgl>      
#> 1     5 2020-06-07 2020-06-15    78   183 TRUE   FALSE        TRUE       
#> 2     5 2020-12-13 2020-12-13    50   179 TRUE   FALSE        TRUE       
#> 3     7 2020-08-09 2020-08-13   711   196 TRUE   TRUE         TRUE       
#> 4    13 2021-01-05 NA            NA   163 FALSE  NA           NA         
#> 5    14 2021-01-05 2021-01-09   101   182 TRUE   TRUE         FALSE      
#> # ℹ 1 more variable: biverk_fot <lgl>

# Indeksvariablar:
indvars = c("pasid", "dato_inn")

d_vld = lag_valideringsdatasett(d_reg, indvars)
d_vld
#> # A tibble: 35 × 10
#>    pasid dato_inn   vld_varnamn  vld_vartype vld_verdi_intern_Date
#>    <dbl> <date>     <chr>        <chr>       <date>               
#>  1     5 2020-06-07 dato_ut      Date        2020-06-15           
#>  2     5 2020-06-07 vekt         numeric     NA                   
#>  3     5 2020-06-07 hogd         numeric     NA                   
#>  4     5 2020-06-07 biverk       logical     NA                   
#>  5     5 2020-06-07 biverk_hovud logical     NA                   
#>  6     5 2020-06-07 biverk_mage  logical     NA                   
#>  7     5 2020-06-07 biverk_fot   logical     NA                   
#>  8     5 2020-12-13 dato_ut      Date        2020-12-13           
#>  9     5 2020-12-13 vekt         numeric     NA                   
#> 10     5 2020-12-13 hogd         numeric     NA                   
#> # ℹ 25 more rows
#> # ℹ 5 more variables: vld_verdi_ekstern_Date <date>,
#> #   vld_verdi_intern_numeric <dbl>, vld_verdi_ekstern_numeric <dbl>,
#> #   vld_verdi_intern_logical <lgl>, vld_verdi_ekstern_logical <lgl>