Lagar eit valideringsdatasett med data frå eit registerdatasett klart til å fyllast ut med og sjekkast opp mot data frå ein gullstandard (typisk pasientjournal).
Value
Valideringsdatasett som er klart til å fyllast ut med og sjekkast opp mot data frå ein gullstandard (typisk pasientjournal).
Details
Funksjonen tek inn eit datasett d_reg og ein vektor indvars og
returnerer eit valideringsdatasett.
Datasettet d_reg skal vera anten data.frame eller tibble.
Vektoren indvars inneheld namna på alle indeksvariablane. Desse må alle
finnast som kolonnar i d_reg, og kombinasjonen av dei må unikt identifisera
kvar rad. Kolonnane i d_reg som ikkje er indeksvariablar er datavariablar
som skal validerast.
Valideringsdatasettet som vert gjeve ut vil ha éi rad for kvar datavariabel
for kvar rad i det opphavlege datasettet. Kvar rad i valideringsdatasettet
vil då innehalda verdien frå éin datavariabel i éi rad frå det opphavlege
datasettet. Denne verdien vil vera lagra i kolonnen vld_verdi_intern_x, der
x er typen til den aktuelle variabelen. Valideringsdatasettet vil vera
på formatet som er definert i er_valideringsdatasett_gyldig(), med tomme
kolonnar vld_verdi_ekstern_x, klare til å fyllast ut og sidan sjekkast mot
verdiane i vld_verdi_intern_x.
Examples
library(tibble)
# Eksempel på datasett frå eit register:
d_reg = tribble(
~pasid, ~dato_inn, ~dato_ut, ~vekt, ~hogd, ~biverk, ~biverk_hovud, ~biverk_mage, ~biverk_fot,
5, as.Date("2020-06-07"), as.Date("2020-06-15"), 78, 183, TRUE, FALSE, TRUE, TRUE,
5, as.Date("2020-12-13"), as.Date("2020-12-13"), 50, 179, TRUE, FALSE, TRUE, TRUE,
7, as.Date("2020-08-09"), as.Date("2020-08-13"), 711, 196, TRUE, TRUE, TRUE, TRUE,
13, as.Date("2021-01-05"), NA, NA, 163, FALSE, NA, NA, NA,
14, as.Date("2021-01-05"), as.Date("2021-01-09"), 101, 182, TRUE, TRUE, FALSE, FALSE
)
d_reg
#> # A tibble: 5 × 9
#> pasid dato_inn dato_ut vekt hogd biverk biverk_hovud biverk_mage
#> <dbl> <date> <date> <dbl> <dbl> <lgl> <lgl> <lgl>
#> 1 5 2020-06-07 2020-06-15 78 183 TRUE FALSE TRUE
#> 2 5 2020-12-13 2020-12-13 50 179 TRUE FALSE TRUE
#> 3 7 2020-08-09 2020-08-13 711 196 TRUE TRUE TRUE
#> 4 13 2021-01-05 NA NA 163 FALSE NA NA
#> 5 14 2021-01-05 2021-01-09 101 182 TRUE TRUE FALSE
#> # ℹ 1 more variable: biverk_fot <lgl>
# Indeksvariablar:
indvars = c("pasid", "dato_inn")
d_vld = lag_valideringsdatasett(d_reg, indvars)
d_vld
#> # A tibble: 35 × 10
#> pasid dato_inn vld_varnamn vld_vartype vld_verdi_intern_Date
#> <dbl> <date> <chr> <chr> <date>
#> 1 5 2020-06-07 dato_ut Date 2020-06-15
#> 2 5 2020-06-07 vekt numeric NA
#> 3 5 2020-06-07 hogd numeric NA
#> 4 5 2020-06-07 biverk logical NA
#> 5 5 2020-06-07 biverk_hovud logical NA
#> 6 5 2020-06-07 biverk_mage logical NA
#> 7 5 2020-06-07 biverk_fot logical NA
#> 8 5 2020-12-13 dato_ut Date 2020-12-13
#> 9 5 2020-12-13 vekt numeric NA
#> 10 5 2020-12-13 hogd numeric NA
#> # ℹ 25 more rows
#> # ℹ 5 more variables: vld_verdi_ekstern_Date <date>,
#> # vld_verdi_intern_numeric <dbl>, vld_verdi_ekstern_numeric <dbl>,
#> # vld_verdi_intern_logical <lgl>, vld_verdi_ekstern_logical <lgl>